Nguyên vật liệu do doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu, gia công và doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu thuộc đối tượng miễn thuế. Việc quản lý, sử dụng những nguyên vật liệu này chịu sự giám sát của Cơ quan Hải quan.
Theo đó, định kỳ Doanh nghiệp phải nộp báo cáo tình hình sử dụng nguyên vật liệu (báo cáo quyết toán) cho Cơ quan Hải quan. Trong quá trình kiểm tra hải quan, kiểm tra sau thông quan, bất kỳ sự chênh lệch lượng nguyên vật liệu giữa báo cáo quyết toán và sổ sách kế toán có thể dẫn đến việc truy thu thuế nhập khẩu, thuế GTGT nhập khẩu. Đây là một vấn đề mà các DNCX thường gặp phải.
Tổng cục Hải quan (TCHQ) trả lời vướng mắc của DNCX Ngày 29 tháng 9, TCHQ đã ban hành công văn số 9376/TCHQ -TXNK về việc xử lý thuế đối với việc chênh lệch này.
Chênh lệch có thể là chênh lệch dương hoặc chênh lệch âm:
- Chênh lệch dương xảy ra khi lượng NVL trong sổ sách kế toán lớn hơn trong báo cáo quyết toán NVL; và ngược lại đối với chênh lệch âm.
- Chênh lệch âm có thể bị quy là phần NVL chênh lệch đã được tiêu thụ trong nước thay vì dùng để sản xuất hàng xuất khẩu.
Vì thế, thuế nhập khẩu sẽ bị ấn định đối với phần chênh lệch âm này. Vấn đề này chủ yếu phát sinh từ sự sai khác giữa định mức NVL đăng ký với Cơ quan Hải quan
(trước 01/04/2015) và định mức sử dụng thực tế.
Theo công văn 9376, Cơ quan Hải quan sẽ không thực hiện ấn định thuế đối với chênh lệch dương nếu số lượng NVL vẫn còn tồn kho.
Cơ quan Hải quan cũng không thực hiện ấn định thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng nhập khẩu đối với lượng chênh lệch âm nếu sự chênh lệch này phát sinh từ các nguyên nhân sau:
(1) Định mức khai báo với Cơ quan Hải quan thấp hơn định mức thực tế sử dụng nguyên liệu;
(2) Đơn vị tính của doanh nghiệp khác đơn vị tính của Hải quan;
(3) Doanh nghiệp cam kết không bán nguyên liệu, vật tư vào nội địa;
(4) Cơ quan Hải quan không phát hiện doanh nghiệp tiêu thụ nguyên liệu, vật tư này vào thị trường nội địa.
